Desa Pentingsari berada diwilayah lereng gunung Merapi. Orang pertama yang menghuni desa Pentingsari adalah Eyang Kyai Jokarto, salah satu prajurit Pangeran Diponegoro yang hidup sekitar tahun 1790 -1905. Beliau menempati tanah di desa Pentingsari sebagai tempat persembunyian dan perjuangan sekaligus sebagai tempat tinggal karena lokasi yang strategis.
Belum pernah ada orang yang bermulim dalam waktu lama di dusun Pentingsari, hal ini karena akan mengalami cobaan berupa huru hara, penyakit dan gangguan mahluk halus yang menghuni Kali Kuning dan Kali Pawon. Eyang Kyai Jokerto adalah satu satunya orang yang dapat mengatasi semua gangguan itu. Karena kesaktiannya dapat mengusir makhluk halus dan dapat mengalihkan aliran lahar gunung Merapi ke tempat lain dan tidak ke dusun Pentingsari, hal ini menjadikan aman serta bebas bencana.
Desa Pentingasi berbentuk seperti semenanjung, di sebelah barat terdapat lembah curam yaitu Kali Kuning. Disebelah selatan terdapat lembah berupa Goa Ledok / Ponteng. Disebelah timur terdapat lembah yang curam, yaitu Kali Pawon dan sebelah utara merupakan dataran yang menghubungkan langsung dengan kelurahan Umbulharjo hingga pelataran gunung Merapi.
Desa Pentingsari mempunyai 2 wilayah, yaitu Bonorejo dan Pentingsari. Desa Bonorejo berada disebelah selatan dan desa Pentingsari berada disebelah utara. Pada awalnya, desa Bonorejo dihuni oleh keluarga Mertokromo, sedangkan Pentingsari dihuni oleh keluarga Eyang Kyai Jokerto. Pada saat pemerintahan Hindia Belanda, desa Umbulharjo pindah ke desa Pentingsari sekitar tahun 1895 dan kelurahan Umbulharjo berganti nama menjadi kelurahan Pentingsari dengan lurah pertama adalah Eyang Kyai Jokerto. Desa Wisata Pentingsari masih tergolong muda dibandingkan dengan desa wisata yang lain Sleman. Kini, Pentingsari menjadi salah satu desa wisata edukasi dan mempunyai banyak home stay untuk dikunjungi oleh pelajar mancanegara dan lokal. Secara resmi, Pentingsari menjadi desa wisata di wilayah Yogyakarta mulai 15 Mei 2008.