Museum Sonobudoyo berada di pusat kota Yogyakarta dan dikelola oleh yayasan yang bergerak di bidang kebudayaan Jawa, Bali, Madura dan Lombok. Sebuah yayasan yang berdiri di Surakarta pada tahun 1919 yang bernama Java Instituut. Dalam keputusan Konggres tahun 1924 tersebut, Java Instituut akan mendirikan sebuah museum di kota Yogyakarta. Pada tahun 1929 dilakukan pengumpulan data kebudayaan dari daerah Jawa, Bali, Madura dan Lombok. Panitia Perencana Pendirian Museum dibentuk pada tahun 1913 dengan anggota: Ir. Th. Karsten P.H.W. Sitsen, Koeperberg.
Bangunan museum menggunakan tanah hadiah dari Sri Sultan Hamengkubuwono VIII dan ditandai dengan Sengkalan Candrasengkala “Buta ngrasa estining lata” pada tahun 1934. Peresmian dilakukan oleh Sri Sultan Hamengkubuwana VIII pada hari Rabu wage pada tanggal 9 Ruwah 1866 Jawa dan ditandai dengan Candra Sengkala “Kayu Kinayang Ing Brahmana Budha” yang artinya tanggal 6 Nopember 1935 Masehi. Pada masa penjajahan Jepang, Museum Sonobudoyo dikelola oleh Bupati Paniradyapati Wiyata Praja. Kemudian dilanjutkan oleh Bupati Utorodyopati Budaya Prawito pada masa kemerdekaan Indonesia di jajaran pemerintah D I Yogyakarta.
Pada akhir tahun 1974 Museum Sonobudoyo diserahkan ke Dinas Pendidikan dan Kebudayaan dan secara langsung bertanggung jawab kepada Direktorat Jenderal dengan Undang undang Nomor 22 tahun 2000. Kewenangan Pemerintah dan Otonomi Daerah. Museum Sonobudoyo mulai bergabung pada Dinas Kebudayaan dan Pariwisata Propinsi Yogyakarta pada bulan Januari 2001 dan diusulkan menjadi UPTD Perda No.7 / Th. 2002 pada tanggal 3 Agustus 2002, tentang pembentukan organisasi UPTD pada Dinas Daerah dilingkungan Pemerintah Yogyakarta, dan SK Gubernur No. 161/ Tahun 2002
Museum Sonobudoyo menyimpan 10 kategori:
- Jenis Koleksi Geologi
- Jenis Koleksi Biologi
- Jenis Koleksi Ethnografi
- Jenis Koeksi Arkeologi
- Jenis Koleksi Numismati
- Jenis Koleksi Histori
- Jenis Koleksi Filologi
- Jenis Koeksi Keramologi
- Jenis Koleksi Seni rupa
- Jenis Koleksi Teknologi